小笠原諸島には、農業に重大な被害を与えるアリモドキゾウムシ、イモゾウムシ、アフリカマイマイという害虫が生息しています。小笠原総合事務所ではこれらの害虫のまん延を防止するため、害虫とその寄生植物の本土への移動を規制（禁止）しています。この取締りのため、農林水産大臣から「植物防疫官の事務処理にあたる者」の指定を受けた2名の職員が、本土と往来する船舶に対して植物防疫業務を行っています。

出入国管理等に関する業務は、出入国在留管理庁長官から入国審査官などの事務処理の指定を受けた2名の職員が担当します。入国審査官は審査対象となる内・外航船の入・出港時に船舶の内部、あるいは小笠原総合事務所内で、日本人や外国人の乗員・乗客の出入（帰）国審査を行います。この際、要注意船舶の乗員や密航のおそれのある者については、上陸防止の措置等を行える体制をとっています。

「東京検疫所小笠原出張所」として、小笠原総合事務所の所長が出張所長を兼任しています。検疫官の指定を受けた職員2名が、外国からの入国者がデング熱、エボラ出血熱などの検疫感染症に感染していないか検査を行います。近年、世界的にデング熱感染者が増加する中、父島の二見港に入港する船舶は、デング熱の検疫感染症汚染地域であるハワイ、グアム、北マリアナ諸島（サイパン等）等の地域を経由したものが多く、その責任は重大です。

小笠原諸島では2007年4月、固有の動植物が数多く生息・生育している特異な森林生態系を保護するため、国有林野の大部分が「小笠原諸島森林生態系保護地域」に設定されました。さらに2011年6月には、その特異な生態系が評価され、ユネスコ世界自然遺産に登録されました。世界遺産区域には国有林野が多く含まれているため、国有林野と民有地との境界の再確認及び確定作業を進めるなど森林保全管理を行っています。